其实这个问题背后是一个哲学的概念诶。
研发药物是对抗细菌(病毒)也好，改造生物的基因也罢，你提问题的出发点就是人类比地球上其他的生物高级。
而我觉得我们和各种细菌病毒是共生的，人类并没有比它们高级很多，人类也绝不是在主宰世界。
大家都是为了彼此的生存而想办法：我们研发药物对抗他们，他们(不论是细菌还是病毒)设法找出种群中能抵挡药物的那一个个体，然后进行clonalexpansion。在古代，人类的能力还没有那么高，所以在很多场同细菌的战役中惨败；自青霉素以后，人类突然掌握大杀器，所以对抗能力突飞猛进；细菌中只有一些残兵游勇存活下来，蛰伏，养精蓄锐，等待恰当的时机进行反击。
病毒也是这样；它们每年都会试图袭击人类，只是有的年份他们找到的那个发起袭击的家伙(比如H5N1)比较勇猛，有的年份呢就弱一些。
扯远了。
我想说的是，归根结底这是一个适者生存的世界。人类研发药物，或者病毒细菌乃至寄生虫产生耐药性，都只是不同生物为了生存而采用的手段。既是如此，就谈不上彻底与否了。如果真的用药过猛，搞得人家生物种群灭绝了，还未必是件好事。天花病毒的两个活体病毒株，在见证了人类几十年的存废辩论之后，不还是好好地躺在冷冻柜里么？
这个，类似于你要既清洁，又低廉，还用之不竭的能源。
不要小看自然规律和生命，至少我们自己还没能发达到跳出这些规律。青霉素为代表的抗生素的发现，我们以为征服了细菌感染，结果那么多年过去了，现在抗生素的研发速度已经被细菌的耐药速度超越了。曾经以为可以短期内攻克的艾滋病、肿瘤，甚至你眼中小小的流感依然猖狂着，所以，我们坦诚的明白，从预防、切断传播途径、改善生活环境才是现有的最有效的措施。
科学，自然是要追求完美，消灭病原体，甚至彻底改造自己。但是，地球上现有的任何生命都没法离开微生物。你所知道的好多病原体，本质上或者机体免疫正常时，都是我们的朋友。微生态的发展提示我们，重建体内的很多微生物种类数量的平衡，可以减少甚至治疗很多疾病。其实说了很多和科学无关的，好像很人文。但是，科学也不是一步登天！所以，祝福某天，科学可以使我们这种生命真的可以像自然界的神一样。
耐药性，就是西医投放不会治病的药，而不是吃药人有抗药能力。如人们常说吃什么药很管用，时间长了，就没效果。后改红梅素效果很好，以后必须用红梅素类。这不叫抗药，而是西医用的药，就不会把病彻底治好的药。如果用舒筋活血疗法，治某种病，就是这个点能治某种病，除了这个点治这病外，别的点很难治好，绝不是虽便给人治病。这是人品，道德，是上天<指人民>给我十几年研究出来的。
那药性是因为不断的筛选，优胜劣汰，那些耐药性弱的细菌死掉，那药性强的一些细菌和生物逐渐的发展壮大，然后他们对这个药性来看个性越来越强，所以产生耐药性最好的方法就是研制新型的，嗯就是连着新型的药品，这样的话细菌就会重新有克制性，但是不可避免的对于心情的药品又会有一些耐药性的细菌出现。
因为人们对药的无知造成的耐药性，当今存世，有一种民间传承了几千年的神秘医术可以解决耐药性一此方法叫巜药物相对论》能让身体受药，此法也是现代唯一能够解开癌症真正的神秘锁匙！！
由于人类的生命基因是不断退化的，所以势必出现耐药性，以及药物代谢性失效的问题，对此的彻底解决办法就是对人体进行基因革命，即改良人种，这其实跟改良农作物种子的道理是一样的。