影片故事基于一个神话传说，每个人类都是一条大鱼，出生在大海的此岸，横越大海度过一生，死后回到大海的彼岸，身体化成泥土，灵魂则化作一条小鱼，不断经历轮回。
在大海的海底下连通着另一个世界，这里的每一个人都是自然力量转化孕育而成的，拥有与生俱来的法力，包括控制树木花草的生长，变幻火焰，使用风的力量等。另外人类死后的灵魂也被收集在这个世界。这里的人还有掌管人类世界自然规律的力量，我这里把他们称为神族，把这个世界称为神界。
神族人长到16岁就要独自行成年礼，化身红色海豚游过天神召唤的通天水柱到达人界，观察人类的动态，7天后顺利回到神界才算完成成年礼。影片的剧情也就是从这里开始的，神族的女主角椿来到人界，看到了人类世界很多美好的事物，其中最美好的就是男主角鲲。
鲲是一个英俊健硕的帅哥，额头中央有红色胎记，发型是民国以前的长辫子，形象很具有古代中国特色，除了美好的外在，内在品德也是极好的，热爱大自然、大海、海豚和鱼，有一颗纯洁善良的心。这个人物为何如此神化？因为他就是庄子《逍遥游》里的鲲！作为华夏千年文明的代表，必须完美。
椿在人界的第六天被人类用来捕杀海豚的网缠住了，危在旦夕。这时鲲及时出现英雄救美，自己却卷进漩涡牺牲了。鲲是在知道有漩涡的情况下毅然决定救一条海豚的，没有一丝犹豫。这是影片第一次出现付出生命代价坚持本心
椿看到失去哥哥的妹妹万分痛苦，内心充满自责与不安，决心复活鲲。回到神界后向爷爷打听到人死后的去处-如升楼，之后无意间得到石像的帮助到达了那里，请求灵婆复活鲲的生命，但得到的方法必须是付出一半的寿命，椿立刻答应了。这是影片第二次出现付
出生命代价坚持本心。
不觉得会毁掉国产动画的是喜羊羊、熊出没、雷锋的故事、汽车人总动员，因为他们的低龄、老套、劣质是公认的，没有谁的价值观和购买力会被他们左右。《大海》这种就不一样了，更吓人的是它还能给你扣“日杂美分”帽子，这要是成了标杆就真gg了。像宫崎骏是贬义词吗？像一个深诣东方文化、德高望重、作品有保障的动画大师，很羞辱？脚踏实地的从剧情出发，很困难？12年琢磨都用在画面上，结果转3d一下黑掉自己亮点，很明智？国产动画需要的是宽松环境还是严苛要求，我们还都在探索中，但“允许一部分人先富起来”的改革开放也不会对严重破坏市场经济的恶劣行为手软的。
为鲲。南海有花，其名为椿。椿去秋来，海棠花开。
椿，为了救鲲，逆天而行而引来海水倒灌带来灾难...而湫，会对着即将去往人间的椿喊着“我会在这等你回来”，会想推下花盆引起椿的注意，会为椿到灵婆那交换条件，会成全椿送走鲲，偷走龙王面具强行打开海天之门，会为椿不惜一切代价...自己蜷缩着无声哭泣也不敢对椿说出那些话，“到最后离别时才懂得后悔没能紧紧抱住你...痛苦却不想忘记，不想忘记所有有关你的一切”
又一次救下鲲，椿说：你就像哥哥一样对我好...
离别之时，湫说：别怕，我会化作人间的风雨永远陪伴在你身边，我们还会在重逢...
是了，送你去人间以后成为灵婆便会再次和你相遇
，因为人死后灵魂都由灵婆管着呢。 椿，回头看看好吗，一个叫湫的天神，放弃了神的身份，宁愿与所有神灵作对，用性命为代价，也要护你平安，包括你的鲲..