有一个重要的概念，生殖隔离。生殖隔离包括：1,两个生物类群无法交配；2,或者交配后无法产生后代；3,或者产生的后代无法继续生育繁衍比如，人和鱼在自然条件下不会进行交配，属于情况1；人和猴子交配后，猴子不会怀孕，属于情况2；马和驴交配生出骡子，骡子无法继续繁衍，属于情况3。然而，补充黑人和白人生的第二代混血儿，性功能一切正常，并且能够继续生第三代，说明黑人和白人之间不存在生殖隔离。
不同肤色的人种还是同一种物种，人类，因为他们之间不存在生殖隔离。而马和驴显然属于不同物种，因为它们之间产生了生殖隔离。造成生殖隔离的典型原因是地理隔离。地理隔离是指两个生物种群受到地理因素的限制，无法进行交配，基因无法相互交流。地理隔离会导致不同生物种群在进化方向上出现分歧，就像不同肤色的人群一样。长期的地理隔离会导致种群间的基因差异越来越大，直到发生生殖隔离时，两个新物种诞生了。
人和猿本来是有共同的祖先的，其中一部分向其他地方迁移，两个种群间形成了地理隔离。久而久之，两个种群往不同方向演化，产生了生殖隔离，就形成了两个物种，其中一个就是原始人类。
1.化石形成的概率极低。化石形成并被人发现的数量，与该物种的数量和存世时间正相关。
换句话说，物种存世时间越长，数量越多，理论上就会容易找到化石。反之则很难发现。
另一方面，物种存世时间和数量，与其适应环境的能力正相关。越成功的物种，存世越长，数量积累也越多;反之，则迅速灭绝。
该事实可以解释为什么人和动物的中间态化石虽然能够找到一些，但集不齐大全套。
2.环境资源有限，生态位不能无限增加，占有相同或相近生态位的物种竞争尤其激烈，优势物种将在短时间内淘汰对手。这就是尼安德特人迅速消失的原因。这也解释了为什么我们看不到祖先物种，只能在森林中找到几个远房表亲。
大多数生物的基因突变是非常频繁的，但大多数突变并不能积累，因为原本的基因体系是比较适合当前物种的。但当某特殊突变非常适合该物种时，一些附属增益突变将迅速积累，直到形成基本完整的基因体系，所以这个时间在地球漫长的年代中非常短暂。比如九十年代中国部分地区出现一种非常常见蜘蛛，有着淡金色的蛛丝，并且会在蛛网上织子母，出现的非常突兀，但几年后就没有了，显然不适合这个自然，被淘汰掉了。自然选择限制了基因突变的无序变异，但有意义的基因突变会造成物种的短期突变。很多反进化论的主力都是神的崇拜者，他们是以反对者的角度去分析进化论，会自然忽略有利进化论的现象
人类出现了几万年，为什么有文明记载的几千年人类并没有再发生外貌上的进化？或者进化论就是掩人耳目的